根据《中共牡丹区委、牡丹区人民政府关于牡丹区党政机构改革“三定”工作实施意见》，结合本单位实际，牡丹区纪委监察局设10个职能室。区纠正部门和行业不正之风办公室设在监察局。
    （一）办公室
    负责综合分析全区纪检监察工作情况，组织起草工作计划；负责全区纪检、监察系统会议的会务工作；负责文件运转、机要通讯、文书档案、案件管理、保密、保卫、财务管理、行政事务和对外联络接待工作，负责协调机关的有关工作。
    （二）干部室
    负责本机关人事工作；研究并提出纪检监察机构设置及人员编制意见；会同有关部门考察区管理的纪检监察干部，提出任免建议；负责纪检监察系统的评比、表彰、奖励和内部监督工作；负责机关的思想政治工作，抓好机关党的思想、组织、作风建设；受理反映纪检监察干部有关问题的信访事宜；负责机关离退休干部的管理和服务工作。
    （三）调研室
    负责纪检监察工作的理论研究及有关政策问题的调查研究；负责起草文件、报告和领导讲话；负责编写《纪检监察信息》。
    （四）宣传教育室
    负责党风廉政教育；纪检监察新闻宣传报道工作；纪检监察干部培训。
    （五）信访室
    负责办理来信来访和举报事项；受理涉及党风党纪和政风政纪问题的举报、控告、申诉；提供案源并核查部分信访案件；调查了解群众反映的突出问题；综合反映带有普遍性和顷向性的信访信息；指导和协调全区纪检监察信访工作。
    （六）党风廉政建设室
    负责监督检查和指导落实全区党风廉政建设工作；综合分析党风廉政建设情况，提出加强党风廉政建设工作的意见和建议；组织全区或重要的党风廉政建设检查活动；组织协调廉洁自律专项清理工作，承办党风监督员的选聘、联络和管理工作；负责综合各乡镇、办事处，区直各部门党组织民主生活会情况。
    （七）执法监察室
    负责监督检查区直各部门，乡镇、办事处贯彻执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、决定、命令的情况；按照区委、区政府和上级纪检监察机关要求，组织开展专项监察，例行监察，现场监察，并提出执法监察建议；会同有关部门进行重大事项的调查处理工作；指导、协调全区的执法监察工作。
    （八）纪检监察一室、二室
    负责承办全区区直部门、乡镇、办事处、区属企事业党组织及区委管理的党员干部违法违纪案件的调查工作；负责承办区政府各部门及其国家公务员、区政府任命的其他人员、乡镇办事处政府及其领导人违犯国家法律、法规及政纪案件的调查工作；查处属下级纪检监察组织管辖范围内重大、典型的违纪案件；综合协调指导乡镇办事处、区直部门的纪检监察组织的案件检查工作。
    （九）审理法规室
    负责审理由区纪委监察局检查处理的案件；审核区直部门，乡镇办事处报批或备案的案件；受理管辖范围内的党员和行政监察对象不服给予的党政纪处分的申诉；承担区监察局在行政诉讼中的应诉事宜；指导和协调全区纪检监察系统的案件审理工作；负责拟定全区纪检监察法规和政策规定；负责纪检监察政策法规的解释工作；参与有关部门拟订党内法规和行政法规工作；指导和协调全区纪检监察系统的政策法规工作。
    （十）菏泽市牡丹区纠正部门和行业不正之风办公室
    负责制订全区纠正部门和行业不正之风工作计划；承办纠风专项治理、部门和行业作风建设选题立项；督促、检查指导有关责任部门承担的纠风专项治理工作；负责收集、汇总纠风工作动态、信息情况；处理有关部门和行业不正之风问题的信访举报；承担纠风工作调查分析，综合报告、总结经验，推广典型工作。